Er zijn diverse andere natuurlijke geneeswijzen of -stromingen waar homeopathie vaak mee verward wordt. Deze methoden kunnen heel waardevol zijn, maar ze zijn geen homeopathie.

Wat homeopathie gemeen heeft met alle andere natuurlijke geneeswijzen, is dat een verstoorde autoregulatie als het uitgangspunt van de behandeling wordt gezien. Echter al deze stromingen hebben hun eigen methode om het zelfherstellende vermogen te stimuleren !

Homeopathie is geen kruidengeneeskunde (fytotherapie). De kruidengeneeskunde werkt alleen met middelen van plantaardige oorsprong. En hoewel soms dezelfde planten gebruikt worden als in de homeopathie, worden fytotherapeuthische middelen niet of slechts laag gepotentieerd.

Homeopathie is geen orthomoleculaire geneeskunde. De orthomoleculaire geneeskunde behandelt klachten, veroorzaakt door een dysbalans in de voeding, door voedingsstoffen en -supplementen te geven

Homeopathie is geen antroposofische geneeskunde. Deze methode gebruikt soms homeopathische middelen, maar de antroposofie heeft ook een levensbeschouwelijk karakter. Homeopathie moet in principe los worden gezien van elke levensbeschouwing of religie. Homeopathie is louter een geneeskundige methode

Soms wordt homeopathie zelfs gelijkgesteld met het hele natuurgeneeskundige terrein, of verward met alles wat een natuurlijk of alternatief tintje heeft. Uit bovenstaande moge duidelijk zijn dat deze vergelijkingen geen hout snijden.